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亚麻籽中也含有一些抗营养因子，如植酸、生氰糖苷、抗吡多醇因子（抗维生素B6）和致甲状腺肿素等。亚麻胶因影响饲料中营养成分的吸收，同样被归为抗营养因子。这些抗营养因子，尤其是生氰糖苷和抗维生素B6的存在限制了亚麻籽在食品和家禽饲料配方方面的应用。然而，抗维生素B6的反面作用可以通过补充维生素B6而得到抑制，因此人们做了许多的尝试以去除亚麻籽粉中的生**合物。
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